基于卡路里計算的減重系統并不是最有效，有兩個主要原因。首先，不同的營養素產生不同的荷爾蒙反應，從而直接影響代謝率，以及影響身體燃燒脂肪效率和貯存脂肪的模式。其次，為了滿足身體的需要而分解不同食物來獲得卡路里來分解不同的差別很大。簡單舉例，你的身體消化一餐含有動物蛋白和綠葉菜時，所消耗的卡路里，顯著比消化一餐含有白飯的碳水化合物的膳食用的多。消化加工食品所需的卡路里更加少，如曲奇餅干、白面包或薯片。
營養素決定荷爾蒙的反應
以卡路里計算減輕體重的方法，這是個錯誤的方法，你所進食的營養素比例決定荷爾蒙的反應。碳水化合物，尤其是那些含有較高血糖指數的食物，能立即提高胰島素水平。當你吃了大量的碳水化合物，特別是對于一個經常進食低脂肪高碳水化合物的食物，又按卡路里計算來進食人來說，你的胰島素水平將持續地提升。長期過高的胰島素水平，會令胰島素產生抵抗性及提升應激皮質醇水平，從而導致細胞衰老。這個化合過程會產生脂肪儲存和糖尿病。
如果你以部分碳水化合物來取代蛋白質和“聰明”脂肪，蛋白質將被用于恢復組織及建立低脂肪高肌肉比例的體形，而脂肪會被用來加強細胞的脂質層、恢復腦部健康，并生產荷爾蒙如睪酮。當然，如果你進食反式脂肪、經處理的蛋白質或碳水化合物或附有添加劑、染料及化學甜味劑的食物，一切都會變得很糟糕了，我會在下文詳細解釋。
限制卡路里會改變荷爾蒙反應
以限制卡路里來減去重量，長遠來說對于新陳代謝不利的，因為它會令你的身體變為一部由荷爾蒙推動的饑餓機器。在新英格蘭醫學雜志的一項研究發現，為一些超重人士安排一個為期十周的卡路里限制餐單，每天只進食550卡路里，結果他們體內刺激饑餓的荷爾蒙生長素及增加脂肪儲存的制胃多肽也提高了。瘦素，一種能夠抑制饑餓和促進脂肪燃燒的荷爾蒙，在十周后明顯地減少了，并維持了一年的時間。要注意，經過十個星期的飲食，參與者輕了30磅，但由于限制卡路里已令他們嚴重地改變其代謝荷爾蒙對食物產生的反應，他們的體重在翌年平均回升15磅。
食物的熱量反應 :卡路里是愚蠢的
一些主流的傳播媒體錯誤地引用了一項在美國醫學協會雜志最新刊載的研究結果指出，卡路里決定身體比例及體重增加的主因。我們仔細分析了這個研究成果，澄清了以上的誤解，并得到正好相反的結果：事實是你所進食的食物中的營養素決定你的身體比例，但是如果你每天也過量進食，你就會變得肥伴。
這項研究從三個不同的蛋白質含量的飲食中，比較了暴飲暴食對身體比例和脂肪增加的影響。研究人員量度了三個飲食的卡路里，這是需要用來分解食物、合成酶，和進行代謝過程所需的卡路里份量。在八個星期的研究中，參與者分別從他們的飲食中攝取5%，15%或25%的蛋白質，相等于額外954卡路里。所有的飲食包括每天超過3000卡路里，而營養素含量如下：
一頓低蛋白質含量的膳食，包含5% 蛋白質，52 %脂肪，以及42%碳水化合物。
一頓正常蛋白質含量的膳食，包含 15% 蛋白質, 44%脂肪，以及 42% 碳水化合物。
一頓高蛋白質含量的膳食，包含25 %蛋白質，33%脂肪，以及41%碳水化合物。
上述三組均透過(暴飲暴食／過量進食)增加了相同重量的脂肪－大約3.5公斤。攝取正常份量及高蛋白質那兩組所增加的脂肪重量，實則上比低蛋白質那組輕0.2分斤，但這結果并沒有明顯的統計學意義。最有趣的結論是，低蛋白飲食那組增加了最少的總體重，因為隨著增加了3.5公斤的脂肪，他們幾乎失去了一公斤的肌肉。在飲食中缺乏氨基酸的建立群組，令他們形成嚴重代謝，產生脂肪儲存的狀態。相比之下，進食正常蛋白飲食那組，增加了2.9公斤的肌肉重量，而進食高蛋白飲食那組，則增加了3.4公斤肌肉。因此，隨著增加了近3.5公斤的脂肪，正常蛋白飲食和高蛋白飲食實則上增加更多的體重。但是，從身體比例的角度來看，正常蛋白飲食和高蛋白飲食的結果比低蛋白飲食那組更好，因為雖然參與者的體重增加了，但他們的身體脂肪百分比卻下降了。
最重要的是，這項研究顯示了每天進食不同比例的營養素所消耗的卡路里數量的極端變化。靜息代謝率（RMR）是一天的休息時間所燃燒的卡路里數量，它會高度受到膳食構造和食物熱效應的影響。進食低蛋白飲食那組，他們的代謝率下降了2%，這意味著他們透過每天的低蛋白飲食，燃燒更少的卡路里。
相反地，進食正常蛋白飲食和高蛋白飲食那兩組，在對高蛋白攝入量的反應影響下，RMR增加了11%。這意味著，進食更多的蛋白質，消耗更多的能量會變成高肌肉低脂肪的體質，而只有約50％消耗的能量被轉化為脂肪。研究人員估計，低蛋白飲食那組，其中超過90％所消耗的能量變成脂肪。
天然健康食品及加工的卡路里并不相同
另一項研究表明，進食天然健康食品比進食相同份量的加工食品所產生的RMR和熱效應顯著高得多。此項研究，將含有相等卡路里和營養素的加工食品餐和天然健康食品餐的影響作出比較。
天然健康食品餐所產生的熱效應，幾乎等于加工食品餐的一倍。在進食天然健康食品餐后，參與者燃燒的卡路里多出50%！同樣重要的是，在進食后的第四個小時，進食加工食品餐的參與者的代謝率下降至低于其平均RMR水平，而進食天然健康食品那組從未跌至RMR以下水平。在提高了的能源使用之下，天然健康食品餐那組的消化時間比加工食品組多出一小時。
依然不相信?看看在印第安人(Pima Indians)身上發生什么事情
皮馬印第安人是亞利桑那的土著，他們提供了“身體比例不受每天攝取的卡路里影響”的典型例子。皮馬印第安人在基因上只需攝取很少的卡路里，主要來自魚、野生小動物和他們收集的食物。1900年以前，一個新的“肥胖流行病”在皮馬印第安人當中十分流行。在該地區居住的當地科學家，對于這個以前一直高大強壯而肌肉有力的土著群體，現在廣泛受到肥胖癥困擾，而感到煩惱不解。最近的分析發現，當皮馬印第安人與白人殖民者接觸后不久，并適應了他們的食物之后，他們開始種植了如玉米、豆類、馬鈴薯，加工食品如糖、面包，最終肥胖及二型糖尿病變得同樣常見。
皮馬印第安人飲食變化的分析，說明了他們沒有暴飲暴食或過量進食，也沒有攝入比以前更多的卡路里，他們只是采取了白人的食物，包括糖、面包、淀粉類食物、雞蛋、牛肉，而不再是魚和野生小動物。他們每天攝入的卡路里也不多于他們燃燒的能量。相反，皮馬印第安人只是進食了對他們的基因來說是錯誤的卡路里類型，這導致脂肪增加和引致糖尿病的荷爾蒙反應。
為了獲得最佳的身體比例，你只需要了解以下各點，就可以解答任何有關如何透過飲食來減少脂肪的難題：
蛋白質的卡路里并不等如碳水化合物的卡路里
不同營養素的熱效應是不同的，加工食品的熱效應比天然健康食品的熱效應為少。
營養素的比例將決定荷爾蒙的反應
你在一天所進食的卡路里數量，和你的身體比例是絕對有關的，如果你像實驗的參與者一樣每天多吃額外954卡路里，你的體重便會增加，但增加脂肪還是增加肌肉，取決于營養素的比例。
如果你沒有過量進食，你只需改變營養素的比例，以管理胰島素水平，對食物的荷爾蒙反應可以導致脂肪流失，以及大大地改善身體比例。
局部減肥是有效的，因為脂肪堆積是和荷爾蒙構造有關的。荷爾蒙的接收點位于你的身體的不同位置。這是我們分子營養法的一個很重要的原則。
