藏族人群三代測(cè)序高質(zhì)量參考基因組發(fā)布

記者28日從中科院昆明動(dòng)物研究所獲悉,國(guó)際期刊《國(guó)家科學(xué)評(píng)論》雜志日前在線(xiàn)發(fā)布了由中國(guó)科學(xué)院昆明動(dòng)物研究所、西藏大學(xué)等聯(lián)合攻關(guān)完成的第一個(gè)藏族人群高質(zhì)量參考基因組,這是藏族人群高原適應(yīng)研究的又一階段性成果,對(duì)解析藏族人群基因組中的大片段結(jié)構(gòu)變異對(duì)高原低氧環(huán)境的遺傳貢獻(xiàn)有著重要意義。

為了系統(tǒng)解析藏族人群全基因組上的大尺度結(jié)構(gòu)變異,中科院昆明動(dòng)物研究所宿兵研究員與西藏大學(xué)歐珠羅布教授、上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所徐書(shū)華教授和青海省高原醫(yī)學(xué)科學(xué)研究院吳天一院士等合作,利用三代長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù)以及多種輔助組裝技術(shù),從頭組裝了一個(gè)高質(zhì)量的藏族人參考基因組——珠峰1號(hào)。

相比于目前已有的人類(lèi)參考基因組,珠峰1號(hào)具有更好的序列連續(xù)性和完整性。利用這個(gè)基因組,研究人員找到了17900個(gè)大尺度結(jié)構(gòu)變異,其中6505個(gè)是有別于其他兩個(gè)東亞人的大尺度結(jié)構(gòu)變異。經(jīng)過(guò)分析發(fā)現(xiàn),這些特有的變異相關(guān)基因的功能顯著富集在一個(gè)重要的低氧通路上。此外,他們還發(fā)現(xiàn)了一個(gè)發(fā)生在基因內(nèi)含子上的163bp缺失,這個(gè)缺失在藏族和漢族群體中表現(xiàn)出顯著的頻率差異,且該缺失與藏族較低的肺動(dòng)脈壓顯著相關(guān)。(記者趙漢斌)

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